1. 사건의 개요
LH는 2005년 부산 사하구 일대에 소규모 국민임대아파트를 건설하기로 하고 건설교통부 장관으로부터 사업 승인을 받은 후, 2009년 7월부터 2012년 12월까지 부지와 그 위의 건축물을 240억 6천337만 원에 사들였습니다. LH는 구 지방세법 제269조에서 '토지주택공사가 임대를 목적으로 취득하여 소유하는 대통령령으로 정하는 소규모 공동주택용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다'는 규정에 따라 2009년부터 2012년까지 취득세와 등록세를 면제받았습니다.
그런데 2012년 12월 국토해양부장관은 사정변경(정부의 주택공급 정책 변화)을 이유로 기존의 임대주택 건설사업을 취소하고, 그 이듬해 해당 용지에 공공분양 보금자리 주택건설사업을 새롭게 승인해줬습니다.
그러자 부산광역시 사하구청은 구 지방세법 제269조 제3항에 근거하여 LH가 취득한 택지를 소규모 임대주택 사업이 아닌 다른 용도에 사용했다며 당초 면제했던 취득세, 등록세 및 지방교육세를 추징했습니다.
LH는 이에 반발하여 행정소송을 제기했습니다.
2. 사건의 쟁점
행정청의 지방세 등 추징의 근거가 되는 규정은 아래와 같은 구 지방세법 규정이었습니다.
제269조 (소규모 임대주택 등에 대한 감면)
① 「대한주택공사법」에 의하여 설립된 대한주택공사(이하 이 조에서 "대한주택공사"라 한다)가 임대를 목적으로 취득하여 소유하는 대통령령이 정하는 소규모주택(이하 이 조에서 "소규모주택"이라 한다)용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 재산세의 100분의 50을 경감한다.
②대한주택공사가 분양을 목적으로 취득하는 소규모주택용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다.
③제1항 및 제2항의 경우 토지를 취득한 후 대통령령이 정하는 기간내에 소규모주택의 건축을 착공하지 아니하거나 소규모주택이 아닌 용도에 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세ㆍ등록세 및 재산세를 추징한다.
(④항 이하 생략)
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반면 LH는 이 같은 용도변경은 정부정책에 따른 것이고, 지방세특례제한법에 따르면 공공분양을 위해 취득한 경우도 취ㆍ등록세 면제규정이 있음을 들어 반박했습니다(제31조 참조).
3. 법원의 판단
제1심은 "소규모 공동주택 건설 사업을 목적으로 부동산을 사들여 다른 용도로 사용한 상황에 해당하므로 세금을 추징해야 한다"며 구청 주장을 받아들이면서도, 다만 법에서 세목 규정이 사라진 일부 세금은 빼라고 판단했습니다. 반면 항소심은 추징 전부가 위법하다며 LH의 손을 들어줬습니다.
결국 이 사건 쟁점은 복잡하게 얽힌 구 지방세법과 지방세특례제한법의 세금 면제ㆍ추징 규정의 적용과 해석에 있었습니다.
대법원은 피고(부산광역시 사하구청장) 상고를 기각하였습니다. "정부 정책에 의한 사정변경으로 종전의 국민임대주택 건설사업 승인이 취소되고 공공분양사업으로 변경됨으로써 LH가 부동산을 소규모 임대주택에 사용할 것을 기대할 수 없게 된 것"이라며 "LH가 당초부터 공공분양사업을 목적으로 토지를 취득했거나 사정변경 후 같은 목적으로 토지를 취득했더라면 세금을 면제 받을 수 있었을 것"이라는 사정 등을 종합적으로 고려하여, "LH가 부동산을 소규모 임대주택에 사용하지 않은데 정당한 사유가 있으므로 이 사건 처분은 위법하다"고 판시했습니다.
4. 시사점
대법원은 행정처분의 직접적인 근거가 되는 법령(구 지방세법)을 문언만으로 엄격하게 하지 않고, 관련 법령과의 조화 및 정부 정책에 대한 신뢰보호 등의 문제까지 폭넓게 고려하여 이 같은 결론을 내린 것으로 보입니다. 향후 정부 정책 변동으로 법적 불이익을 입게 된 경우의 권리 구제에 있어, 이러한 논리를 활용해 볼 수 있겠습니다.